- Код статьи
- 10.31857/S0044453723090133-1
- DOI
- 10.31857/S0044453723090133
- Тип публикации
- Статус публикации
- Опубликовано
- Авторы
- Том/ Выпуск
- Том 97 / Номер выпуска 9
- Страницы
- 1324-1328
- Аннотация
- Для ферментативного катализа характерны многостадийные химические реакции на пути от фермент-субстратных комплексов до продуктов. В ряде случаев в ходе экспериментальных исследований удается характеризовать структуру и свойства интермедиатов сложных химических реакций в белках. Применение современных компьютерных методов моделирования позволяет существенно дополнить знание о механизмах реакций ферментативного катализа и представить подробные данные о реакционных интермедиатах, включая структуры с атомным разрешением. Накопленные к настоящему времени материалы позволяют создать уникальную базу данных, названную ENIAD (ENzyme-In-Action-Data bank). В статье описаны принципы построения базы данных ENIAD, а также мультиплатформенный веб-интерфейс для доступа к данным (https://lcc.chem.msu.ru/eniad/).
- Ключевые слова
- ферментативный катализ реакционные интермедиаты молекулярное моделирование базы данных
- Дата публикации
- 12.09.2025
- Год выхода
- 2025
- Всего подписок
- 0
- Всего просмотров
- 9
Библиография
- 1. Варфоломеев С.Д. Химическая энзимология. М.: Научный мир, 2019. С. 543.
- 2. Berman H.M., Henrick K., Nakamura H. // Nature Structural Biology. 2003. V. 10. № 12. P. 980. https://doi.org/10.1038/nsb1203-980
- 3. Holliday G.L., Andreini C., Fischer J.D. et al. // Nucleic Acids Res. 2012. V. 40. P. D783.https://doi.org/10.1093/nar/gkr799
- 4. Nagano N., Nakayama N., Ikeda K. et al. // Ibid. 2015. V. 43. P. D453.https://doi.org/10.1093/nar/gku946
- 5. Ribeiro A.J.M., Holliday J.L., Furnham N. et al. // Ibid. 2018. V. 46. P. D618.https://doi.org/10.1093/nar/gkx1012
- 6. Furnham N., Holliday G.L., de Beer T.A.P. et al. // Ibid. 2014. V. 42. P. D485.https://doi.org/10.1093/nar/gkt1243
- 7. Warshel A., Levitt M. // J. Mol. Biol. 1976. V. 103. P. 227. https://doi.org/10.1016/0022-2836 (76)90311-9
- 8. Senn H.M., Thiel W. // Angew. Chemie Int. Ed. 2009. V. 48. P. 1198. https://doi.org/10.1002/anie.200802019
- 9. Grigorenko B.L., Kots E.D., Nemukhin A.V. // Org. Biomol. Chem. 2019. V. 17. P. 4879.https://doi.org/10.1039/C9OB00463G
- 10. Khrenova M.G., Grigorenko B.L., Kolomeisky A.B. et al. // J. Phys. Chem. B. 2015. V. 119. № 40. P. 12838.https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.5b07238
- 11. Khrenova M.G., Kots E.D., Nemukhin A.V. // Ibid. 2016. V. 120. № 16. P. 3873.https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b03363
- 12. Docker, Inc. https://www.docker.com, 2019.
- 13. The Linux Foundation. https://kubernetes.io, 2019.
- 14. Brekhov A.T., Mironov V.A., Moskovsky A.A. et al. // J. Phys.: Conf. Ser. 2019. V. 1392. P. 012049.https://doi.org/10.1088/1742-6596/1392/1/012049
- 15. PostgreSQL Global Development Group. https://www.postgresql.org, 2019.
- 16. Latino D.A.R.S., Aires-de-Sousa J. // Chemoinf. and Comput. Chem. Biol. 2011. V. 672. P. 325.https://doi.org/10.1007/978-1-60761-839-3_13
- 17. O’Boyle N.M., Holliday G.L., Almonacid D.E. et al. // J. Mol. Biol. 2007. V. 368. P. 1484.https://doi.org/10.1016/j.jmb.2007.02.065
- 18. Almonacid D.E., Babbitt P.C. // Curr. Opin. Chem. Biol. 2011. V. 15. P. 435.https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2011.03.008
